Думал откатиться сначала до php 5.2, ибо с php 5.3 по какой-то причине не хочет работать phpmyadmin без всяких на то видимых причин (и без ошибок в логах), но в итоге в очередной раз наткнулся на грабли с удалением порта.
Так вот. Удалять порты следует следующим образом:
#pkg_deinstall -r packagename
, где packagename имя удаляемого порта. Ключ -r удаляет все зависящие от вышеуказанного packagename. Иначе, при установке/обновлении порта могут возникнуть проблемы с уже присутствующими или отсутствующими зависимостями, которые придется удалять вручную. Благо вручную делать это не пришлось – установил php обратно, удалил все php-extensions которые связаны с php 5.3 и установил пока что все заново. Посмотрим позже как поведет себя phpmyadmin.